一、民間為保護藻礁曾發起全國性公投，政府為因應公投曾承諾保護藻礁，中油為展現透明意願，更於於網路24小時live直播大潭G1、G2區影象。然要真正落實資訊公開，應公開本案開發的環評監督資料，建議本案歷次環評監督會議的所有會議資料、簡報、會議記錄等應完整上網公開。
二、建議增加懸浮固體濃度連續監測點位：
本案目前僅在觀新藻礁生態系野生動物保護區及G2區設置懸浮固體濃度連續監測點位，而鄰近G1、G3目前雖尚未劃入保護區，但過去中研院研究團隊曾建議擴大保護區劃設範圍。相關環境變化係民間關切事項，建議增加懸浮固體濃度連續監測點位，至少包含G1、G3區。
三、應變措施的啟動標準應說明合理性，並建議下修：
(一)其他工業區專用污水下水道的放流水水質標準，懸浮固體限值僅25 ppm；本案卻制定「懸浮固體100ppm」的超高濁度且須「連續300小時」都在100ppm以上，才要採取應變措施，等於連續12.5天都在高濁度的惡劣環境才要改善。且實際監測結果，本案工程期間，大於100ppm的有連續236小時、519小時、740小時及355小時等，海洋生物長時間處在惡劣環境中。
(二)先前環評就海洋生物在高濁度中生存的資料，大多是針對魚類，但藻礁生態系內的許多生物，如：各種殼狀珊瑚藻及保育類野生動物柴山多杯孔珊瑚等，無法像魚類一樣自由移動的，能否忍受如此長時間、高濁度的環境？應提出文獻說明標準的合理性；並建議下修應變措施啟動標準，避免讓海洋生物長時間處在惡劣環境中。
四、重金屬超標應釐清成因，並提出因應對策：
本案有重金屬超標情形，中油稱：本案無涉重金屬排放。然而沉箱投放通常會造成海床底泥擾動，使原本固著在海床的重金屬釋放出來，增加海水中重金屬濃度，建議釐清本案重金屬超標成因，並提出因應對策。
五、覆泥增加應釐清成因，並提出因應對策：
(一)簡報資料提到「沉箱回填」，請中油說明：放置沉箱時，是否有來自其他地方的客土？若有，客土來自何處？填放前，曾否檢測土方是否含有害物質？
(二)本案施工前，海水雖濁，但多係沙子，顆粒較大，覆砂在礁體上仍會留下孔隙，且易被浪沖走；本案施工後，海域潮間帶的細泥變多，覆泥會填滿孔隙，不僅難被沖走，且造成礁體內的植物無法行光合作用，動物幼生也難存活。請開發單位說明：細泥產生的成因？並提出因應對策。
六、開發基地內的柴山多杯孔珊瑚、殼狀珊瑚藻及藻礁之分布範圍應做詳細調查，以避免工程傷害生物及礁體：
中油以環評期間曾做過調查及堤防外推後水深10公尺處已無藻礁，不願再進行調查。然而：
(一)先前環評資料，堤防附近如：BH-7點位仍有藻礁[1]；且隨工程進行，珊瑚、殼狀珊瑚藻及生物礁分布範圍，有變化可能性，應先詳細調查，以避免工程傷害生物及礁體。
(二)從中油的G2直播畫面可看到，目前許多沉箱暫置在藻礁區。雖是暫置，仍可能傷害藻礁生態系，尤其施工後海邊曾出現大量礁體碎片，應釐清成因，並避免沉箱暫置或投放固定過程傷害到藻礁生態系。
